少年侦探团在小岛洞穴中发现海盗宝藏地图，紧接着岛上开始有人被“幽灵”袭击。
柯南一行来到冲绳的一座离岛度假，这里流传着18世纪女海盗“安妮·邦尼”埋藏宝藏的传说。元太在潮池玩耍时捡到一个刻有神秘符号的古朴木盒，里面藏着一张羊皮纸地图。当晚，岛上唯一的博物馆被盗，馆长离奇溺死在浅滩。少年侦探团根据地图在海底洞穴探险时，发现了一艘沉没的帆船残骸，而船上的棺材里没有尸骨，只有一具现代的潜水装备。柯南意识到，凶手正在寻找某样不该存在于这个世上的东西——一个足以改变琉球历史的秘密。
本作回归了早期剧场版的本格推理风格，海底探险场景的作画极其精美。柯南与服部平次的联手破案很有看头，节奏紧凑，最后三十分钟的反转保持了系列一贯的高水准。
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